Para optimizar sus actividades de investigación científico-tecnológicas, así como también  de extensión, prestación de servicios altamente especializados y transferencia de resultados de investigación al medio socioproductivo, la Facultad de Ingeniería Química se encuentra organizada en Institutos,  Programas, Laboratorios y Centros.
Los Institutos son unidades del máximo nivel académico, cuyo objetivo central es la creación de conocimiento original, la formación de recursos humanos altamente capacitados y la transferencia de sus conocimientos al medio.
La FIQ cuenta con dos institutos propios: Instituto de Tecnología de Alimentos e Instituto de Tecnología Celulósica.

Instituto de Tecnología de Alimentos (ITA)

Director: Mag. Carlos Osella
Telefax (0342) 4571164 Int. 2586
E-mail: ita@fiq.unl.edu.ar
► Web ITA

Instituto de Tecnología Celulósica (ITC)

Director: Dr. Miguel Zanuttini
Teléfono (0342) 4571164 Int. 2719
E-mail: itc@fiq.unl.edu.ar
► Web ITC

También cuenta con otros institutos de doble dependencia (UNL – CONICET), que desarrollan sus actividades parcial o totalmente en los espacios físicos de la FIQ, como lo son: INCAPE, INLAIN e IQAL.

Instituto de Investigaciones en Catálisis y Petroquímica (INCAPE)

Instituto de doble dependencia UNL–CONICET
Director: Dr. Ulises Sedrán
Teléfono/Fax:  (0342) 4511370 int. 6101
E-mail: incape@fiq.unl.edu.ar
► Web INCAPE

Instituto de Lactología Industrial (INLAIN)

Instituto de doble dependencia UNL–CONICET
Directora: Dra. Andrea Quiberoni
Tel: (0342) 4530302
E-mail: aquibe@fiq.unl.edu.ar
► Web INLAIN

Instituto de Química Aplicada del Litoral (IQAL)

Instituto de doble dependencia UNL–CONICET
Directora: Dra. Paola M. Quaino
Teléfono (0342) 4571164 Interno 2519
E-mail: pquaino@fiq.unl.edu.ar
► Web IQAL